Doutorada em Ciências da Comunicação, na especialidade de Sociologia da Comunicação, Maria João Cunha é atualmente Professora Auxiliar no Instituto Superior de Ciências Sociais e Políticas da Universidade de Lisboa onde leciona na Licenciatura, Mestrado e Doutoramento em Ciências da Comunicação, na Licenciatura em Sociologia, no Mestrado em Família e Género e no Doutoramento em Estudos de Género.
É investigadora integrada e cofundadora do CIEG (Centro Interdisciplinar de Estudos de Género), investigadora colaboradora no CAPP (Centro de Administração e Políticas Públicas), ambos Centros de Investigação do ISCSP, é cocoordenadora da secção de Género e Sexualidade da APS (Associação Portuguesa de Sociologia) e Vice-Presidente do Observatório da Criança “100 Violência”.
Tem participado em diversos projetos de investigação no âmbito de temáticas ligadas ao género e comunicação, sendo a Coordenadora Adjunta do projeto “Representações mediáticas de públicos sensíveis”, e é autora, entre outras, das obras “Mass Media e Imagem Corporal” (2008) e “Sociologia da Comunicação” (2011).